CD Bethesda berdiri pada tahun 1974, di mana berdirinya lembaga ini dideklarasikan pada Rapat Rencana Kerja Yakkum setelah ditetapkan bahwa masing – masing unit Yakkum harus menyebarkan pelayanan mereka lebih komprehensif melalui usaha pengembangan kesehatan, untuk melayani masyarakat yang tidak dapat mengakses pelayanan kesehatan sebelumnya. CD RS Bethesda memulai aktivitas pertamanya dengan membangun Pusat Pengembangan Desa di Tamanmartani, Yogyakarta dan menyelenggarakan program pelatihan pertanian; yang diberi tema “Program Pelatihan Kepemimpinan Pemuda Desa”. Program yang ditujukan untuk masyarakat dalam pembasmian hama tanaman di Kecamatan Kalasan, Sleman, Yogyakarta.